影片开场，穷凶极恶的大脚帮老大史莱德被押往监狱
就在囚车开进隧道时，大脚帮的小弟们一拥而上打劫囚车
女记者奥尼尔得知此事后，立刻通知城市的守护者
四只可爱的小乌龟前来阻止他们的越狱计划
可是对手太强大
大脚帮的托克曼博士利用时空传送技术将史莱德救出
但在传送过程中出现错误，把史莱德传送到了外星怪物大魔王的老巢
大魔王试图消灭称霸地球，几年前
大魔王把时空传送器发射到地球，在进入大气层的时候
巨大的阻力使传送器分解成三部分
一块掉落在巴西的热带雨林里，另一块在纽约的历史博物馆里
还有一块在大脚帮的托克曼博士手中
只要找到这三块装置就可以重新组装时空传送器了
到时候打开传送门，大魔王的外星战舰就可以来到地球征服人类
史莱德说：我可以协助你寻找传送器，但是你也要答应我一个条件
就是帮我解决掉那四只讨厌的忍者神龟
大魔王说：没问题，这瓶变身药水可以解决所有问题
史莱德回到大脚帮之后，重新召集旧部卷土重来
另一边，警察琼斯在押送史莱德过程中严重失职
……
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